CDD 12 mois
Missions
L’ADN tumoral circulant (ctDNA) est un biomarqueur clé pour le suivi de l’évolution de la maladie chez les patients atteints de lymphomes, grâce à une détection très sensible de la maladie résiduelle. Le consortium FrenchConnect, regroupant des équipes du LYSA, du LYSARC et de l’Institut Carnot CALYM, s’est donné pour mission de centraliser et d’harmoniser l’analyse du ctDNA au niveau national, à travers la mise en place d’une plateforme informatique dédiée. Celle-ci met en œuvre un pipeline bioinformatique intégrant les dernières avancées méthodologiques (utilisation de barcodes moléculaires, prise en compte du bruit de fond de séquençage, utilisation de variants phasés).
Au sein d’une équipe bioinformatique en charge du traitement des données de séquençage à haut débit du projet national FrenchConnect, vous travaillerez en étroite collaboration avec une unité Inserm basée à Rouen et serez également amené à collaborer avec plusieurs équipes en France.
A ce titre, vos missions seront les suivantes :
- Contribuer au développement de l’interface utilisateur permettant aux utilisateurs (biologistes moléculaires) de suivre et de tracer les données associées aux différents prélèvements
- Suivre l’avancement des projets et produire un reporting régulier permettant de contrôler leur bon déroulement et d’identifier précocement les éventuelles difficultés
- Assurer le contrôle du bon déroulement des analyses et la vérification de la qualité des résultats
- Assurer un support technique aux utilisateurs et suivi des bonnes pratiques
- Monitorer l’usage des ressources informatiques de la plateforme FrenchConnect, afin de garantir une utilisation optimisée de ces ressources et d’identifier, le cas échéant, les goulets d’étranglement techniques à résoudre en coordination avec l’équipe du Lymphoma Data Hub (LDH)
- Assurer la traçabilité des fichiers sur la plateforme FrenchConnect
- Participer au développement des pipelines FrenchConnect
- Participer à l’évaluation des performances des outils bioinformatiques
- Participer au développement, à la validation et à la publication de nouveaux algorithmes de traitement des données de maladie résiduelle minimale (MRD)
Des déplacements sont à prévoir en France de manière occasionnelle.
Profil
De formation BAC + 5 minimum dans le domaine de la bioinformatique, vous avez un intérêt pour la thématique du ctDNA. Vous savez participer à un projet collaboratif national impliquant de nombreux interlocuteurs non spécialisés en bioinformatique.
Vous savez analyser des données de séquençage à haut débit (DNA-seq) et maitrisez les requêtes SQL sur des bases de données, langages Python, R, PHP, HTLM et CSS ainsi que l’environnement Linux (serveur distanciel, gestion des tâches de calcul, lignes de commande, …).
Un niveau d’anglais professionnel et technique est requis sur ce poste.
Ce poste est basé au Centre Henri Becquerel de Rouen.