Objectifs et thèmes de recherche
Le laboratoire vise à établir des corrélations entre données moléculaires et le phénotype / la clinique des lymphomes : valeur pronostique ou théranostique ; mise en place de tests à visée diagnostic ; identification de la valeur biologique des variants identifiés dans la tumeur et le plasma.Thèmes de recherche
Génomique et transcriptomique des lymphomes.
Sous-types de lymphomes
- Lymphomes B.
- Lymphome diffus à grandes cellules B.
- Lymphome de Hodgkin.
- Lymphome primitif du système nerveux central.
- Lymphome à cellules du manteau.
Mots clés
Génome, Génotypage, Transcriptome, Gènes d’immunoglobuline, Transfert, Méthylation

Fabrice
Jardin
U1245

expertise
CIBLES BIOLOGIQUES ET MODELES IN VITRO/IN VIVO/EX VIVO
Cibles : Etudes moléculaires des gènes codant pour les composantes du BCR et notamment les gènes VH, gènes drivers (MYD88), gènes du cycle cellulaire (CCND), XPO
Modèles :
- Xénogreffes sur souris.
- Lignées de lymphome du manteau modifiées pour exprimer la GFP et/ou la luciférase (REC1, Granta-519, Z138 et JeKo1).
- Lignées JeKo1 et Z138 résistantes au bortezomib (JBR et ZBR).
BIOMARQUEURS SANGUINS ET TISSULAIRES
- Etude des mutations récurrentes et anomalies du nombre de copies de gènes ayant un impact pronostique.
- Etudes transcriptomiques moyen débit par RT-MLPA ciblées et transfert en immunohistochimie.
SIGNAUX PHARMACO-DYNAMIQUES PRECOCES D’ACTIVITE
Corrélation entre transcriptome/ génomique et imagerie par PETScan.
OUTILS, PROCESSUS ET PLATEFORMES EN LIEN AVEC LA RECHERCHE CLINIQUE
- Plateforme de génotypage de moyen débit, analyse PCR multiplex, étude de la méthylation de gènes clé par pyroséquencage.
- Tumorothèque et Pole froid.
- Cytogénétique conventionnelle et FISH.
- Unité de recherche clinique avec pôle de promotion et plateforme d’essais précoces.
TECHNOLOGIES INNOVANTES
- RT-MLPA.
- Cell-free DNA : caractérisation de l’ADN cell-free circulant tumoral dans le plasma.
- Biopsie liquide.
- Proximity ligation assay.
- CRISPR-barcoding, CRISPR/Cas9.
Plateformes & ressources techniques
- Séquenceurs (PGM), PCR quantitative (TaqMan) pyroséquenceur.
- Plateforme de génotypage et analyse transcriptomique de moyen débit (Illumina, BeadExpress).
- Cytométrie de flux.
- Transfection cellulaire (Amaxa), clonage, culture cellulaire.
- Tissue-micro-array.
- Bioinformatique.
- Nanostring (Ncounter).
- PCR digitale (Stilla).
Offre de R&D
Le laboratoire propose des projets collaboratifs sur :
- la quantification des mutations récurrentes dans l’ADN plasmatique,
- la correlation anatomo-cliniques / moléculaire et imagerie par TEP scan,
- des outils bioinformatiques pour l’analyse des variants et leur intégration dans le diagnostic en routine,
- le développement d’outils de phénotypage des lymphomes B et T.