Génomique et biomarqueurs du lymphome et des tumeurs solides

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Objectifs et thèmes de recherche

Le laboratoire vise à établir des corrélations entre données moléculaires et le phénotype / la clinique des lymphomes : valeur pronostique ou théranostique ; mise en place de tests à visée diagnostic ; identification de la valeur biologique des variants identifiés dans la tumeur et le plasma.

Thèmes de recherche

Génomique et transcriptomique des lymphomes.

Sous-types de lymphomes

  • Lymphomes B.
  • Lymphome diffus à grandes cellules B.
  • Lymphome de Hodgkin.
  • Lymphome primitif du système nerveux central.
  • Lymphome à cellules du manteau.

Mots clés

Génome, Génotypage, Transcriptome, Gènes d’immunoglobuline, Transfert, Méthylation

Fabrice Jardin

U1245

Lymphomes B Diffus à grandes cellules
expertise

CIBLES BIOLOGIQUES ET MODELES IN VITRO/IN VIVO/EX VIVO

Cibles : Etudes moléculaires des gènes codant pour les composantes du BCR et notamment les gènes VH, gènes drivers (MYD88), gènes du cycle cellulaire (CCND), XPO

Modèles :

  • Xénogreffes sur souris.
  • Lignées de lymphome du manteau modifiées pour exprimer la GFP et/ou la luciférase (REC1, Granta-519, Z138 et JeKo1).
  • Lignées JeKo1 et Z138 résistantes au bortezomib (JBR et ZBR).

BIOMARQUEURS SANGUINS ET TISSULAIRES

  • Etude des mutations récurrentes et anomalies du nombre de copies de gènes ayant un impact pronostique.
  • Etudes transcriptomiques moyen débit par RT-MLPA ciblées et transfert en immunohistochimie.

SIGNAUX PHARMACO-DYNAMIQUES PRECOCES D’ACTIVITE

Corrélation entre transcriptome/ génomique et imagerie par PETScan.

OUTILS, PROCESSUS ET PLATEFORMES EN LIEN AVEC LA RECHERCHE CLINIQUE

  • Plateforme de génotypage de moyen débit, analyse PCR multiplex, étude de la méthylation de gènes clé par pyroséquencage.
  • Tumorothèque et Pole froid.
  • Cytogénétique conventionnelle et FISH.
  • Unité de recherche clinique avec pôle de promotion et plateforme d’essais précoces.

TECHNOLOGIES INNOVANTES

  • RT-MLPA.
  • Cell-free DNA : caractérisation de l’ADN cell-free circulant tumoral dans le plasma.
  • Biopsie liquide.
  • Proximity ligation assay.
  • CRISPR-barcoding, CRISPR/Cas9.

Plateformes & ressources techniques

  • Séquenceurs (PGM), PCR quantitative (TaqMan) pyroséquenceur.
  • Plateforme de génotypage et analyse transcriptomique de moyen débit (Illumina, BeadExpress).
  • Cytométrie de flux.
  • Transfection cellulaire (Amaxa), clonage, culture cellulaire.
  • Tissue-micro-array.
  • Bioinformatique.
  • Nanostring (Ncounter).
  • PCR digitale (Stilla).

Offre de R&D

Le laboratoire propose des projets collaboratifs sur :

  • la quantification des mutations récurrentes dans l’ADN plasmatique,
  • la correlation anatomo-cliniques / moléculaire et imagerie par TEP scan,
  • des outils bioinformatiques pour l’analyse des variants et leur intégration dans le diagnostic en routine,
  • le développement d’outils de phénotypage des lymphomes B et T.